| Сегодня 14 апреля, понедельник |
      |
  
|
  
Какой рейтинг вас больше интересует?
|
Главная /
Каталог блоговCтраница блогера Тимур Лукманов/Записи в блоге |
 |
|
Использование готовой волновой функции в качестве начального приближения
2011-12-21 23:05:00 (читать в оригинале)ORCA
Дополнительные данные в ORCA сохраняются в .gbw файлах. Это паршивые бинарники, которые открываются только самой ORCA.
Взять готовые орбитали из .gbw:
%moinp "название.gbw"
Firefly
Орбитали в Firefly сохраняются в PUNCH файле. Это простой plain text файл, который содержит разную информацию, в том числе и волновые функции для каждого шага оптимизации. Они начинаются с группы $VEC, поэтому надо скопировать все, что находится между $VEC и ближайшим к нему $END (включительно), и вставить в самый конец входного файла, вместе с указанием следующих параметров:
$GUESS
guess=moread
norb='число берущихся орбиталей'
Задание диффузных функций
2011-12-05 08:05:00 (читать в оригинале)Firefly QC
$basis
DIFFSP=.t. #для всех тяжелых атомов (Li-F, Na-Cl, Ga-Br, In-I, Tl-At)
DIFFS=.t. #для атома H
ORCA
%basis
Параметр diff
_p #для всех тяжелых атомов (Li-F, Na-Cl, Ga-Br, In-I, Tl-At)
_pp #для всех атомов
Chemcraft для Linux не умер!
2011-12-04 17:27:00 (читать в оригинале)Последняя GNU/Linux - версия Chemcraft вышла 14 октября 2010 года, с тех пор обновлялась только windows-версия. Это навело меня на некоторые подозрения, которые вылились в письмо к авторам.
Вопрос в письме:
Будет ли в будущем поддерживаться (как новые функции, так и исправление ошибок) версия Chemcraft для GNU/Linux?Ответ не заставил себя ждать:
Скорее всего в течение двух месяцев выйдет новая Linux-версия.Ура, товарищи. Да не останемся мы без визуализатора.
MPI
2011-12-03 11:46:00 (читать в оригинале)Для правильной работы MPI нужно корректно указать соответствующие переменные.
Open MPI:
export PATH=$PATH:/opt/q/ompi/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/q/ompi/lib64
Проверить корректную установку можно с помощью команды
mpirun -np 4 uname-np - число процессоров
Выбор реализации MPI с помощью mpi-selector
TORQUE
2011-11-27 22:42:00 (читать в оригинале)
Начальная настройка
TORQUE - открытая версия PBS (Portable Batch System) для организации распределенных вычислений. Исходники лежат на оффсайте. После сборки RPM с помощью приложенного .spec-файла, получится 5 готовых RPM-пакетов:
TORQUE - открытая версия PBS (Portable Batch System) для организации распределенных вычислений. Исходники лежат на оффсайте. После сборки RPM с помощью приложенного .spec-файла, получится 5 готовых RPM-пакетов:
torqueНа сервере нужно установить все, кроме torque-devel, а на остальные ноды кластера хватит самого torque + torque-client
torque-client
torque-devel
torque-scheduler
torque-server
После установки на сервере в автозапуске должны быть сервисы pbs_server, pbs_sched, а на каждой ноде (и сервере если он тоже будет в работе) единственный процесс pbs_mom
Рабочей директорией по умолчанию является /var/spool/torque/.
После установки нужно инициализировать сервер, что можно сделать командой
Проверить правильность установки нод можно командой
Рабочей директорией по умолчанию является /var/spool/torque/.
После установки нужно инициализировать сервер, что можно сделать командой
pbs_server -t createЧтобы все ноды были видны с сервера, их заресолвленные имена должны быть вписаны в ./server_priv/nodes, а на каждой ноде в ./torque/mom_priv/config вписать строку $pbsserver имя_сервера
Проверить правильность установки нод можно командой
pbsnodes -aзавершить процесс можно командой
qterm -t quick
echo "sleep 30" | qsubЭто задание провисит 30 секунд и сдохнет. Если задания висят в очереди и не хотят работать, то нужно проверить наличие запущенного pbs_sched и состояние сервера:
qmgr -c 'list server'
Нормальное рабочее состояние сервера это server_state = Active, если вместо Active там Idle, то нужно перезапустить pbs_server с параметром -a
Работа с очередями
Создание новой очереди и задание ключевых параметров:
Работа с очередями
Создание новой очереди и задание ключевых параметров:
qmgr -c "create queue batch queue_type=execution"Время указывается в секундах.
qmgr -c "set queue batch started=true"
qmgr -c "set queue batch enabled=true"
qmgr -c "set queue batch resources_default.nodes=1"
qmgr -c "set queue batch resources_default.walltime=3600"
Установить очередь по умолчанию:
qmgr -c "set server default_queue=batch"
Установка заданий в очередь
Ставить задания в очередь с помощью команды qsub:
qsub -l nodes=nodesnum -V -q queuename tg-l указывает на количество запрашиваемых ресурсов, например nodes=3:ppn=4 потребует по 4 ядра на каждой из 3-х нод.
-V очень важный параметр, показывает что TORQUE следует использовать пользовательские переменные окружения, без нее он даже ~/bin не найдет.
-q это название очереди
tg это название специального скрипта, в простейшем виде выглядящего так:
#PBS -N test
#PBS -l nodes=1,walltime=999:00:00
#PBS -S /bin/sh
#
#cd to your execution directory first
cd $PBS_O_WORKDIR
program_name
-l параметры выделения ресурсов (используются если они не заданы явно в qsub)
Скорее всего, есть способы ставить задания в очередь и без промежуточных скриптов, но и с ними неплохо. Если qsub запускать без параметров, то будут использоваться параметры из tg, если их нет и там, то из свойств запускаемой очереди.
Управление заданиями
qstat -a просмотреть полный список заданий в очереди
qdel number удалить задание number из очереди (только для владельца задания и администраторов)
qdel all удалить все задания из очереди
Категория «Блогосфера»
Взлеты Топ 5
 | ||
|
+1241 |
1261 |
Robin_Bad |
|
+1175 |
1263 |
Futurolog |
|
+1090 |
1094 |
MySQL Performance Blog |
|
+1028 |
1098 |
Ksanexx |
|
+1023 |
1097 |
Refinado |
Падения Топ 5
 | ||
|
-2 |
511 |
партнерки |
|
-3 |
605 |
Блог о раскрутке и монетизации сайта. |
|
-3 |
86 |
Mandalaй.ru |
|
-4 |
589 |
Блог Демона |
|
-4 |
17 |
Выводы простого человека |
Популярные за сутки
Загрузка...
BlogRider.ru не имеет отношения к публикуемым в записях блогов материалам. Все записи
взяты из открытых общедоступных источников и являются собственностью их авторов.
взяты из открытых общедоступных источников и являются собственностью их авторов.