Тимур Лукманов Голосов: 2 Адрес блога: http://www.destructio.ru/ Добавлен: 2012-02-07 17:12:01

Использование готовой волновой функции в качестве начального приближения

2011-12-21 23:05:00 (читать в оригинале)

ORCA
Дополнительные данные в ORCA сохраняются в .gbw файлах. Это паршивые бинарники, которые открываются только самой ORCA.

Взять готовые орбитали из .gbw:
 %moinp "название.gbw"

Firefly

$GUESS
guess=moread
norb='число берущихся орбиталей'

---

Задание диффузных функций

2011-12-05 08:05:00 (читать в оригинале)

Firefly QC
$basis
DIFFSP=.t. #для всех тяжелых атомов (Li-F, Na-Cl, Ga-Br, In-I, Tl-At)

ORCA
%basis
Параметр diff
_p #для всех тяжелых атомов (Li-F, Na-Cl, Ga-Br, In-I, Tl-At)
_pp  #для всех атомов

---

Chemcraft для Linux не умер!

2011-12-04 17:27:00 (читать в оригинале)

Последняя GNU/Linux - версия Chemcraft вышла 14 октября 2010 года, с тех пор обновлялась только windows-версия. Это навело меня на некоторые подозрения, которые вылились в письмо к авторам.

Вопрос в письме:

Будет ли в будущем поддерживаться (как новые функции, так и исправление ошибок) версия Chemcraft для GNU/Linux?

Ответ не заставил себя ждать:

Скорее всего в течение двух месяцев выйдет новая Linux-версия.

Ура, товарищи. Да не останемся мы без визуализатора.

---

MPI

2011-12-03 11:46:00 (читать в оригинале)

Для правильной работы MPI нужно корректно указать соответствующие переменные.

Open MPI:

export PATH=$PATH:/opt/q/ompi/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/q/ompi/lib64

Проверить корректную установку можно с помощью команды

mpirun -np 4 uname

-np - число процессоров


Выбор реализации MPI с помощью mpi-selector

---

TORQUE

2011-11-27 22:42:00 (читать в оригинале)

torque
torque-client
torque-devel
torque-scheduler
torque-server

На сервере нужно установить все, кроме torque-devel, а на остальные ноды кластера хватит самого torque + torque-client
Простейший способ проверки работоспособности установленной системы:

echo "sleep 30" | qsub

Это задание провисит 30 секунд и сдохнет. Если задания висят в очереди и не хотят работать, то нужно проверить наличие запущенного pbs_sched и состояние сервера:

qmgr -c 'list server'

-N название задания
-l параметры выделения ресурсов (используются если они не заданы явно в qsub)

Скорее всего, есть способы ставить задания в очередь и без промежуточных скриптов, но и с ними неплохо. Если qsub запускать без параметров, то будут использоваться параметры из tg, если их нет и там, то из свойств запускаемой очереди.

Управление заданиями
qstat -a просмотреть полный список заданий в очереди
qdel number удалить задание number из очереди (только для владельца задания и администраторов)
qdel all удалить все задания из очереди