Тимур Лукманов Голосов: 2 Адрес блога: http://www.destructio.ru/ Добавлен: 2012-02-07 17:12:01

Релаксированное сканирование поверхности потенциальной энергии

2011-09-29 21:09:00 (читать в оригинале)

Чтобы провести сканирование поверхности эквипотенциальной энергии в гауссиане с изменением диэдрального угла N1-N2-N3-N4 нужно дописать после блока координат (оставив одну пустую строку) ряд параметров следующего вида:

D N1 N2 N3 N4 S 20 2.0

N1 N2 N3 N4 - номера атомов, образующих угол;
Цифры после S - 20 2.0 - количество шагов и степинг в градусах.

Для собственно сканирования следует указать параметр Opt(modredundant)

Пример входного файла:

%Mem=2Gb
%Nproc=2
#p pm3 opt(modredundant)

Comment

0 1
6 -2.307113467 0.343472366 -3.771772489
8 -2.307113467 1.339406478 -3.075387489
8 -2.307113467 -0.905182478 -3.238193508
1 -2.307113467 -0.777696367 -2.275223636
6 -2.307113467 0.343472366 -5.311772489
1 -1.429543467 0.898631899 -5.673420160
1 -3.184683467 0.898631899 -5.673420160
6 -2.307113467 -1.060884658 -5.927064725
1 -1.429543467 -1.616044191 -5.565417055
1 -3.184683467 -1.616044191 -5.565417055
6 -2.307113467 -1.060884658 -7.467064725
8 -2.307113467 -0.064950546 -8.163449726
8 -2.307113467 -2.309539502 -8.000643707
1 -2.307113467 -2.182053391 -8.963613579

D 5 8 11 12 s 36 10.0

- изменение угла между атомами 5 8 11 12, 36 шагов по 10 градусов.