Записи о Ктхулху обрывочны, но похоже он был порождён в мире Вурл в двадцать третьей туманности. Позже Он бродил зеленой двойной звездой Хотх, где совокупился с существом по имени Идх-йаа, дабы породить Великих Древних Гхатанотхоа, Йтхогтха, и Тсог-Оммога. Далее Ктхулху и его потомство полетели на Юггот, откуда сошли на Землю.

За сим, Ктхулху и его потомки многие годы наслаждались свободой в этом мире, но скоро они впали в период глубокого ожидания. В течение миллионов лет человечество медленно развивалось. Ктхулху говорил с сими новыми существами в их снах, сообщая им, где находятся статуи с его образом, кои он принёс со звёзд. Так зародился культ Ктхулху. Но однажды черный Р"лиэх постигло бедствие. Возможно, это была месть неизвестных божеств или изменения в звёздах, луне, отделённых от Земли (хотя считается, что слуги Ктхулху знали бы об этом). Время сей катастрофы также неведомо; согласно доктрине культа, это произошло после зарождения его первых культов, другие считают, что это случилось задолго до начала развития человечества. Без причины, город Р"лиэх погрузился в воды Тихого Океана, захлопнув Ктхулху и его потомков как в ловушке. Вода заблокировала большинство их телепатических сигналов, исключив любой контакт с их слугами кроме как через случайные сны. Ктхулху не мог ничего сделать, и ждёт, пока звёзды не установятся в надлежащем порядке; лишь тогда он освободится из заключения.

С тех пор, могила Ктхулху время от времени подымалась из воды, освобождая Ктхулху на краткие периоды. Всякий раз, после нескольких дней или недель, Р"лиэх снова погружался обратно в море. Однако придёт день, когда черный город не вернётся к морскому дну. Засим Ктхулху будет убивать и метаться по всему миру.

Культы Ктхулху широко распространены; следы его поклонения остались на Гаити, Луизиане, на Юге Тихого Океана, в Мехико, Аравии, Сибири, К"н-йан, и Гренландии. Бессмертные жрецы поддерживали культ где-то в горах Китая, но истинный центр культа был расположен где-то в Аравии, около Ирема. Первая работа Профессора Анжелла и его преемников дала много информации о скрытых культах.

В 1997 в области указанного Лавкрафтом расположения Р’лье был зафиксирован подводный звук, получивший имя собственное «Bloop» (блуп, с английского — «рёв», «вой»). Природа звука указывает его животное происхождение, но мощность намного превосходит ту, которая могла быть достигнута известными видами морских животных.