Суд над Монттом проходил в Гватемале (столица страны с одноименным названием) и продолжался два месяца. В итоге бывшего президента приговорили к 50 годам за геноцид и к 30 годам за военные преступления. Монтта признали виновным в убийстве 1,771 индейца майя в 1982-1983 гг. и в массовых изнасилованиях, которые совершили солдаты правительственной армии. Бывшего главу разведки Маврисио Родригеса Санчеса, который проходил по тому же делу, признали невиновным.

Сам экс-диктатор утверждает, что он не отдавал приказов убивать индейцев и сжигать их дома, и собирается подавать апелляцию в связи с преклонным возрастом. По его словам, во всем виноваты командиры правительственных войск, а он ничего не знал. Суд, в то же время, установил, что геноцид индейцев был спланированной операцией, а не просто преступлениями отдельных военных.

Монтт правил Гватемалой всего лишь несколько месяцев, но его правление вошло в историю этой страны как самый кровавый период гражданской войны, продолжавшейся с 1960 по 1996 годы. Монтт, верующий католик, после захвата власти заявил, что каждый христианин в одной руке должен держать Библию, а в другой - автомат. В обращении к народу он сказал, что стал президентом волей Господа и объявил, что все несогласные с его политикой будут уничтожены. Новый диктатор предпринял масштабное наступление против партизан-коммунистов, тем не менее, полностью их ликвидировать ему не удалось.

Монтта сверг другой генерал в августе 1983 г., но бывший диктатор оставался в стране и продолжал политическую карьеру, в частности, он неоднократно баллотировался на президентский пост, собирая значительные проценты голосов. Гражданская война в Гватемале закончилась в 1996 г. соглашением между правительством и повстанцами, и с этого момента в стране идет расследование военных преступлений, совершенных в этот период. По оценкам, всего в ходе гражданской войны погибли около 200 тысяч человек.