КроКоп так же подтвердил новость о подписании, сообщив на своем официальном сайте о том, что собирается выйти в октагон в апреле. Он не назвал имя своего следующего соперника, однако, заявил о том, что надеется реваншировать поражения, которые потерпел во время своего предыдущего пробега в UFC.
Став в 2006 году чемпионом Гран-При Pride в открытой весовой категории, Мирко Филипович заключает соглашение с UFC сроком на два года, рассчитанное на шесть поединков. Дебют КроКопа в октагоне состоялся 3 февраля 2007 года на UFC 67, а его соперником стал малоизвестный тогда боец, Эдди Санчес, которого Филипович нокаутировал в первом же раунде. Следующий поединок Мирко состоялся в рамках UFC 70 в английском Манчестере. Соперником Крокопа стал Габриэль Гонзага, черный пояс по бразильскому джиу-джитсу. В то время Гонзага, как и Санчес, был не сильно известен публике, и тем сильнее были шокированы зрители, когда Габриэль нокаутировал хорвата в конце первого раунда, да еще как – фирменным хай-киком Крокопа в голову. Потерявший сознание Филипович очень неудачно упал, повредив во время падения голеностоп и порвав одно из коленных сухожилий.
Следующий поединок Мирко состоялся в сентябре 2007 года в рамках UFC 75, где его оппонентом стал французский кикбоксер Чейк Конго, которому хорват и проиграл единогласным судейским решением. В интервью, которое хорват дал после боя, он сказал, что у него во время боя треснуло ребро, а три запрещенных удара француза в пах предопределили исход встречи.
В 2008 году Филипович объявил о разрыве отношений с UFC и о том, что продолжит карьеру в японской организации DREAM. В ответ президент UFC, Дана Уайт, отреагировал в свойственной ему манере и обвинил хорвата в обмане и нарушении условий контракта. Сам хорват расплывчато отвечал на этот вопрос, намекая, что не исключает возможности возвращения в UFC в будущем.
«Вы знаете, у меня был неудачный период, я потерпел два поражения в UFC», - говорил тогда Мирко. «Я не хочу, что бы люди думали, будто я убегаю из UFC. Просто я много думал по поводу продолжения своей профессиональной карьеры, и считаю, что DREAM для меня сейчас самое лучшее место. Кроме того, я никогда не любил драться в клетке. Моей боевой ареной всегда был ринг. Ну и, во-вторых, я всегда любил Японию. Она для меня второй дом, я чувствую себя здесь как в Хорватии. Это те причины, которые побудили меня остаться тут, и я очень рад, что у меня теперь есть возможность снова драться в Японии. Конечно, я не исключаю того, что когда-нибудь вернусь в UFC, ради того, чтобы доказать, что мои поражения связаны с тем, что у меня просто был неудачный период в карьере. Теперь я совершенно здоров, и морально и физически»
Возвращение КроКопа в UFC состоялось в июне 2009 года на UFC 99, а его соперником стал английский тяжеловес Мустафа Аль-Тюрк. Филипович серьезно потряс соперника уже в первом раунде, и вообще, смотрелся лучше, но концовка боя получилась скомканной – Мирко случайно попал Мустафе пальцем в глаз, после чего Аль-Тюрк не смог продолжить бой. Судья этого нарушения не заметил, и в итоге Крокопу присудили победу техническим нокаутом, ввиду того, что Мирко наносил удары, а Аль-Тюрк не защищался. Во втором поединке Филипович встретился с на тот момент малоизвестным ударником из Бразилии, Джуниором Дос Сантосом. Сопротивляясь с большим трудом агрессивно ведущему поединок бразильцу, Крокоп в третьем раунде сдался, пропустив удар в глаз. «Я ничего не вижу», - сказал он рефери и бой был остановлен. После поединка Филипович сказал, что у него сейчас «большое желание повеситься в гостиничном номере». Правда, через несколько дней он выглядел уже заметно бодрее, и сказал, что бои – это все, что он знает в жизни, и что он хочет продолжить драться. Так же, Мирко добавил: «Во время своей подготовки к поединку с Джуниором Дос Сантосом, я допустил ряд ошибок, и найду мотивацию для возвращения»
Также Мирко заявил, что в 2010 году собирается провести как минимум три поединка, что впоследствии и осуществил.
Следующий бой Филиповича должен был состояться 21 февраля, когда в рамках UFC 110 у него был запланирован поединок с Беном Ротвеллом, однако, почти перед самой встречей Ротвелл вынужден был сняться из-за болезни. В качестве замены Филиповичу была предложена кандидатура австралийца Энтони Пероша, который и проиграл Крокопу по окончании второго раунда техническим нокаутом , ввиду сильного рассечения. Самому Мирко тоже пришлось наложить швы после поединка.
В следующем бою Крокоп встретился с молодым проспектом Пэтом Бэрри, который, как и Мирко, был выходцем из кикбоксинга и выступал в К-1. Пэт утверждал, что Филипович один из его любимых бойцов, и что если он подойдет к Крокопу за автографом, это не стоит принимать за шутку. Поединок, который должен был пройти в Ванкувере, был на грани срыва, так как Мирко задержали местные пограничники. Крокопа задержали на 6 часов, в течение которых допрашивали по поводу его службы в спецподразделении Lučko, правда, в итоге все-таки отпустили.
В самом начале поединка Бэрри удались несколько отличных лоу-киков, а два точных удара в челюсть дважды отправили Филиповича в нокдаун, однако, Бэрри не пытался провести добивание и позволил Крокопу оба раза встать. Вообще, первый раунд прошел в атмосфере дружбы, и соперники даже пожали руки прямо во время поединка. Во втором раунде Пэт заметно устал, а Филипович напротив, выровнял бой, продемонстрировав кроме своих фирменных хай-киков еще и работу в партере, которая никогда не была сильной стороной Крокопа, и которую он всегда пытался избегать. Третий раунд был настоящим откровением для любителей ММА – доминирование Филиповича в партере закончилось неожиданным удушением, при этом Крокоп заработал бонус за «Сабмишн вечера». Автограф Пэт так и не получил, однако, впоследствии Бэрри подружился с Мирко и присоединился к его тренировочному лагерю.
Следующим соперником Мирко Филиповича стал Фрэнк Мир, бой с которым состоялся в рамках UFC 119. Крокоп заменил Антонио Родриго Ногейру, выбывшего по болезни. Довольно вялый поединок закончился поражением Филиповича нокаутом, после того как Миру удался точный удар коленом.
В марте 2011 года Крокоп встретился с молодым проспектом Брэнданом Шаубом на турнире UFC 128. В середине третьего раунда Филипович попытался провести фирменный хай-кик левой, но Шауб удачно контратаковал ударом правой навстречу и отправил хорвата второй раз кряду в нокаут.
29 октября того же года состоялся последний поединок хорвата под эгидой UFC. Соперником Крокопа стал Рой Нельсон. Многочисленные атаки в первых двух раундах не принесли Филиповичу никаких результатов, а в третьем раунде уже Нельсон достал хорвата хорошим ударом, отправив того на настил. Добивание закончилось техническим нокаутом хорвата. После этого поединка Мирко Крокоп Филипович сообщил, что после трех поражений подряд завершает свою карьеру.
Тем не менее, чуть позже КроКоп заявил, что собирается провести еще несколько поединков по правилам К-1, и побороться за титул чемпиона K-1 Grand Prix, что успешно осуществил, став победителем K-1 World Grand Prix 2012. В итоге Мирко продолжил карьеру и в смешанных единоборствах, где успел провести еще четыре поединка. Потерпев в ноябре 2013 года досрочное поражение на турнире Легенда 2 в поединке с Алексеем Олейником, в трех остальных матчах, которые состоялись под баннером японской организации Inoki Genome Fight, КроКоп одержал победы, попутно завоевав титул чемпиона IGF в тяжелом весе. В частности, в последнем поединке, который состоялся на новогоднем турнире Inoki Bom-Ba-Ye 2014 в Токио, Мирко Филипович победил в матче-реванше Сатоши Ишии, второй раз подряд выиграв у японского тяжеловеса техническим нокаутом.
