Большой интерес представляет раздел, рассказывающий об истории христианства в Херсоне. Среди экспонатов - коллекция раннехристианской скульптуры, церковная утварь, нательные кресты и кресты-энколпионы, хлебные штампы. Наибольшее внимание привлекает коллекция стеатитовых и бронзовых икон X-XII вв. Далее представлены реконструкции херсонесских христианских храмов различных типов, а также детали их архитектурного убранства (капители, колонны, детали алтарных преград и т.д.). Заканчивается раздел коллекцией декоративных плит с изображением проросших крестов и фантастических зверей, которые украшали фасады херсонесских христианских храмов XII-XIII вв.

         Широкомасштабные раскопки верхних слоев Херсонесского городища дали возможность восстановить облик жилых кварталов XII-XIII вв.: планы и реконструкции некоторых из них представлены в экспозиции наряду с инструментами строителей, образцами средневековой черепицы, замками различных типов, оконным стеклом и т.д.

      В ходе раскопок города были открыты материалы, свидетельствующие о наличии в Херсоне мастерских по обработке черных и цветных металлов, ювелирного, косторезного и деревообрабатывающего ремесла, стеклоделательного производства, ткачества и мастерских по производству керамики, в том числе поливной. Коллекция последней, несомненно, представляет собой наиболее яркую и запоминающуюся часть экспозиции. Она включает посуду, выполненную в технике гравировки, полихромной росписи и росписи ангобом. Украшающие поливные тарелки и кувшины орнаментальные мотивы, изображения птиц и фантастических животных отражают сложный синтез художественных вкусов и традиций различных народов, населявших Византийскую империю.

       К наиболее многочисленным и разнообразным в собрании Херсонесского заповедника относится коллекция изделий из кости, включающая орудия труда, детали вооружения, украшения, предметы быта. Самую примечательную часть коллекции, несомненно, представляют декоративные пластины с чрезвычайно выразительными гравированными и резными изображениями птиц и животных, переданных в сложном повороте.

       Повседневную жизнь херсонесита и его облик позволяют представить следующие разделы экспозиции, включающие предметы быта, письменные принадлежности, игры, медицинские инструменты, а также пряжки, фибулы, пуговицы, бусы, браслеты и проч.
        Выгодное географическое положение города обеспечило ему роль крупного транзитного торгового центра Северного Причерноморья. В разделе "Торговля" представлены некоторые товары, привозившиеся в город из других районов Византии и обменивавшиеся здесь на продукцию соседних варварских племен.

      Торговые отношения связывали город и с Русью, откуда везли мед, воск и меха. Кроме того, Херсон оказался одним из городов Северного Причерноморья, куда потянулись спасавшиеся от татарских набегов русские. Этим объясняется обилие т.н. русских вещей (нательных крестов, крестов-энколпионов, овручских пряслиц, деталей одежды и т.д.), находимых во время раскопок Херсонесского городища и представленных в экспозиции средневекового отдела.

       Осаждавшее город войско Владимира не оставило каких-либо материальных следов своего пребывания здесь. Исключение составляет открытое на херсонесском некрополе единственное т.н. "погребение русского воина", которое предположительно связывают с осадой 988 года.
     Распад Византийской империи привел к разрушению складывавшейся веками сети торговых путей, связывавших Херсон с другими районами византийского мира. Это отразилось на составе херсонесского импорта - основными торговыми партнерами города стали Восточный Крым, Армения, Средний Восток, чьи товары представлены в одном из последних разделов экспозиции. 

     Ослабевший, лишенный основного источника существования Херсон добили набеги монголо-татар. О мощном пожаре, охватившем город в результате набега хана Едигея 1399 года, говорят материалы, представленные в последнем разделе экспозиции: обугленные балки, обгоревшая поливная посуда, спекшиеся гвозди и т.д.
        В дополнение к основной экспозиции в вестибюлях отдела развернута иллюстрированная выставка "Средневековый Херсон V - первой половины XV вв." Материал из раскопок Херсона, воспроизведенный в рисунках, реконструкциях, чертежах, фотографиях и дополненный прорисовками византийских книжных миниатюр и монументальной живописи, воскрешает картины жизни византийского города. [1]