Бактериологическая опасность присутствует не только в искусственных пещерах, но и в естественных. Заразиться вирусами можно как в канализациях, отстойниках, коллекторах, норах, подземельях, катакомбах, старых подвалах и египетских пирамидах, так и в тектонических, карстовых и вулканических полостях.

Карстовые пещеры могут содержать радиоактивный газ радон. Он тяжелее воздуха в 7 – 8 раз и скапливается в нижних углублениях. Его нельзя опознать по запаху.

В тупиковых ответвлениях (карманах) и слабо вентилируемых пещерах могут скапливаться газы – метан и углекислый газ. Они невидимы, не имеют запаха и цвета, а потому особо опасны.

Обвалы происходят в горизонтальных и наклонных пещерах разных типов. Наиболее им подвержены подземные полости в соляных и гипсовых горных породах. Для предотвращения обвалов необходимо исключить акустические колебания (крики, сильный шум).

Сырость является спутником многих пещер. В результате человек без специального снаряжения начинает ощущать озноб, который становится сильнее с каждым часом. Одежда увлажняется, и гидроизоляция теряет свои свойства. Высушить ее в подземелье практически нереально.