Оказывается такой удобный инструмент для борьбы с ДДОС атаками (или вернее со спамботами) как DDoS Deflate (который применяется тогда, когда в iptables отсутствует возможность использовать модуль connlimit), после инсталяции неправильно склонен себя конфигурировать. Это приводит к тому, что защита не работает.