[DllImport("user32.dll")]
private static extern bool ShowWindow(IntPtr hWnd, int nCmdShow);

[DllImport("kernel32.dll", ExactSpelling = true)]
private static extern IntPtr GetConsoleWindow();

static void Main(string[] args)
{

    ShowWindow(GetConsoleWindow(), 0);//сворачиваем в область уведомлений

    //Указываем компонент, который создает значок в области уведомлений.
    //Этот класс не может наследоваться.
    NotifyIcon icon = new NotifyIcon();

    //задаем текущий значок.
    icon.Icon = new Icon("1.ico");//иконка расположена рядом с exe файлом

    //задаем значение, указывающее, виден ли значок в области уведомлений
    //в панеле задач.
    icon.Visible = true;   

    //задаем текст подсказки, отображаемый при наведении указателя
    //мыши на значок в области уведомлений.
    icon.Text = "Свернутое консольное приложение";

    //Отображаем всплывающую подсказку с указанным заголовком, текстом и значком
    //в панеле задач в течении заданного периода времени.
    icon.ShowBalloonTip(2000,"Скрытое консольное приложение","Скрытие выполнено успешно!",ToolTipIcon.Info);
 
 ShowWindow(GetConsoleWindow(), 1);//показываем 
 icon.Visible = true;  //убираем иконку из области уведомений 
    Console.ReadKey();    
}

using System.Runtime.InteropServices;
using System.Windows.Forms;
using System.Text;
using System.Data;
using System;
using System.Drawing;