Тимур Лукманов Голосов: 2 Адрес блога: http://www.destructio.ru/ Добавлен: 2012-02-07 17:12:01

Quantum Wizard 2.2.0

2011-09-23 20:46:00 (читать в оригинале)


Новые функции:
- Вывод силы донорно-акцепторного взаимодействия из результатов Natural Bond Orbital (NBO 3.0) анализа при запуске с параметром nbda. Пороговое значения для вывода задается параметром e. Например все взаимодействия больше 50 кДж/моль:

qwiz nbda e 50 *

- Вывод результатов расчета термохимических поправок (к энергии, энтальпии и энергии Гиббса) и ZPE
- Теперь все значения энергии приводятся в кДж/моль.
Подробности в вики.

Скачать Quantum Wizard 2.2.0
В следующей версии:
-Вывод дипольных моментов -Возможно обработка расчетов ямр-спектров

---

Запуск Gaussian

2011-09-17 17:56:00 (читать в оригинале)

Небольшой перлоскрипт для запуска расчетов в Gaussian. Свойства:
1. Ест входные файлы с расширением .inp и выдает .out файлы. Оба типа можно изменить прямо в теле скрипта. Можно запускать по маске, удобнее всего *.
2. При запуске с параметром chk выдаст готовые Formatted Checkpoint файлы .fchk с названием входных файлов. Для корректной работы необходимо наличие во входном файле строки %Chk=tmpdir/1.chk
Например:

g chk *

3. Дописывает в конец выходного файла время проведения расчета

Собственно, сам скрипт:

#!/usr/bin/perl
$in_type = "gjf";  #filetype for input
$out_type = "out"; #output filetype
$gauss_path = "/opt/q/g09"; #gaussian path
$tmpdir = "/windows/E/tmp/g09";  #tmp path
if ($ARGV[0] =~ m/chk/)
  { foreach $file (@ARGV)
    { if ($file =~ m/chk/)
      {next}
    if ($file =~ m/$in_type/)
      { $file =~ s/.$in_type//;
      print "processing $file\t";
      open INP, "$file.gjf";
      @inp = ;
      close INP;
      $gauss = "$gauss_path/g09 $file.$in_type $file.$out_type";
      `/usr/bin/time -a -f %E --output=$file.$out_type $gauss $file.$in_type`;

      `mv -f $tmpdir/1.chk $file.chk`;
      `$gauss_path/formchk -3 $file.chk $file.fchk`;
      `rm -f $tmpdir/*`;
      unlink "$file.chk";
      open (INPEND,"> $file.gjf");
      print INPEND @inp;
      close INPEND;
      print "done\n"
      }
    }
  }
else
  { foreach $file (@ARGV)
    { if ($file =~ m/$in_type/)
      { $file =~ s/.$in_type//;
      print "processing $file\t";
      open INP, "$file.gjf";
      @inp = ;
      close INP;
      $gauss = "$gauss_path/g09 $file.$in_type $file.$out_type";
      `/usr/bin/time -a -f %E --output=$file.$out_type $gauss $file.$in_type`;
      `rm -f $tmpdir/*`;
      open (INPEND,"> $file.gjf");
      print INPEND @inp;
      close INPEND;
      print "done\n";
      }
    }
  }

---

Работа с ALSA

2011-09-17 17:35:00 (читать в оригинале)

Как-то совершенно случайно получилось убить конфиги ALSA драйвера (в openSUSE 11.4; использую встроенную интеловскую звуковуху). Да так, что звука не стало вообще, а kmixer отказался показывать даже панель с регуляторами.

Удалось выяснить, что дитрибутивы openSUSE, начиная с версии 11.2 хранят конфигурацию драйвера в /etc/modprobe.d/50-sound.conf
По несчастливой случайности бэкапа этого файла у меня не оказалось, но какие-то убунтоводы признались, что содержание файла должно быть следующим:

options snd-hda-intel model=3stack-6ch enable=1 index=0 single_cmd=1 enable_msi=1
options snd slots=snd-hda-intel
# u1Nb.c9J1KXzTGCE:82801I (ICH9 Family) HD Audio Controller
alias snd-card-0 snd-hda-intel

iСписки значений параметра model для различных карт можно спросить у гугла.
iРедактировать из-под рута.

Так же на всякий случай были с корнем выпилены драйверы Pulse и всё что от них зависело.
iКакие-то янки проблему решили именно таким образом

После рестарта ALSA драйвера

# rcalsasound restart

iТак же из-под рута.
удалось обнаружить в alsamixer некоторое количество регуляторов и прочих опций, звук появился.
Kmixer же образумился только после ребута.

Еще была идея обновить драйверы, но до компиляции, сборки пакета и уж тем более установки как-то руки не дошли...

---

Расчет BSSE в Gaussian 03

2011-09-09 10:53:00 (читать в оригинале)

Расчет поправки на несовершенство базисного набора (Basis Set Superposition Error, BSSE) особенно актуален при моделировании бимолекулярных и выше реакций. Сложности не представляет, ресурсов требует по минимуму, но эффект зачастую дает существенный.

---

Основные команды в Gaussian

2011-09-09 10:20:00 (читать в оригинале)

Возможно будет полезно - команды Gaussian, наиболее часто используемые в расчетах.

Guess – задание алгоритма начального приближения для волновой функции Хартри – Фока. Без опций не имеет смысла, по умолчанию используется алгоритм Harris.
Opt – выполнение процедуры оптимизации геометрии молекулы и поиск стационарных точек на ППЭ. Геометрия будет корректироваться до момента нахождения стационарной точки на ППЭ.
SCF – задание процедуры самосогласования. Для задания наименее затратной процедуры необходимо прочесть раздел «Efficiency Considerations» на сайте Gaussian.
Geom – указывает на источник считывания исходных данных геометрии молекулы, а также определяет эти параметры. По умолчанию читается из входного файла. Определяет правильность заданной структуры. Без опции не имеет смысла.